Mikroskop cahaya dan elektron berbeda satu sama lain. Bandingkan variasi istilah serupa.
Mikroskop optik hanya dapat melihat struktur sel tertentu, seperti dinding sel, kloroplas, kromosom berlabel, mitokondria, nuklei, dll., Sedangkan mikroskop elektron dapat mengamati semua struktur sel. Sederhananya, mikroskop cahaya dapat mengungkapkan struktur mikroskopis sel, sedangkan mikroskop elektron dapat mengungkapkan komposisi submikroskopisnya.
Pembesaran adalah perbedaan utama. Tidak peduli berapa banyak zoom yang digunakan, mikroskop optik memiliki perbesaran maksimum yang tidak dapat dilihat oleh mata manusia. y(min)=0.61*panjang gelombang / (n*sinu) Maksimum kira-kira 1,5 bahkan jika n*sinu terendam dalam minyak, dan jumlah yang tersisa bergantung pada ukuran panjang gelombang. Oleh karena itu, memperbesar menjadi sia-sia karena perbesaran maksimum mikroskop optik sekitar 1000 kali. Karena panjang gelombang berkas elektron yang digunakan dalam pencitraan mikroskop elektron secara signifikan lebih pendek daripada cahaya tampak, mereka dapat menyelesaikan detail kecil, memungkinkan perbesaran hingga beberapa juta.
