Ada dua jenis mikroskop fluoresensi berdasarkan jalur optiknya:
1. Mikroskop fluoresensi transmisi: Sumber cahaya eksitasi ditransmisikan melalui bahan spesimen melalui kondensor untuk merangsang fluoresensi. Kolektor cahaya medan gelap yang umum digunakan, atau kolektor cahaya biasa, dapat digunakan untuk mengatur reflektor guna mengubah cahaya eksitasi dan cahaya samping ke spesimen. Ini adalah mikroskop fluoresensi yang relatif kuno. Keuntungannya adalah fluoresensinya kuat pada perbesaran rendah, sedangkan kelemahannya adalah fluoresensinya melemah seiring dengan peningkatan pembesaran. Oleh karena itu, lebih baik mengamati material spesimen yang lebih besar.
2. Mikroskop fluoresensi sinar jatuh Ini adalah jenis mikroskop fluoresensi baru yang dikembangkan di zaman modern. Berbeda dengan yang sebelumnya, cahaya eksitasi jatuh dari lensa objektif ke permukaan spesimen, menggunakan lensa objektif yang sama dengan kondensor iluminasi dan lensa objektif untuk mengumpulkan fluoresensi. Pemisah berkas warna ganda perlu ditambahkan ke jalur optik, yang berada pada sudut 45 derajat terhadap uranium ringan. Cahaya eksitasi dipantulkan ke lensa objektif dan terkonsentrasi pada sampel. Fluoresensi yang dihasilkan oleh sampel, serta cahaya eksitasi yang dipantulkan dari permukaan lensa objektif dan kaca penutup, masuk ke lensa objektif secara bersamaan dan kembali ke pemisah berkas dichroic, memisahkan eksitasi dan fluoresensi. Sisa eksitasi kemudian diserap oleh filter pemblokiran. Jika filter eksitasi yang berbeda/pemisah berkas warna ganda/kombinasi filter pemblokiran digunakan, filter tersebut dapat memenuhi kebutuhan produk reaksi fluoresen yang berbeda. Keunggulan mikroskop fluoresen ini adalah penerangan bidang penglihatannya seragam, gambarannya jelas, dan semakin besar perbesarannya, semakin kuat fluoresensinya.
（2） Penggunaan mikroskop fluoresensi
1. Nyalakan sumber cahaya, dan lampu merkuri bertekanan sangat tinggi perlu dipanaskan terlebih dahulu selama beberapa menit untuk mencapai puncaknya.
2. Mikroskop fluoresensi transmisi memerlukan filter eksitasi yang diperlukan untuk dipasang di antara sumber lampu dan kondensor, dan filter pemblokiran yang sesuai harus dipasang di belakang lensa objektif. Mikroskop fluoresensi berkas jatuh perlu memasukkan filter eksitasi/pemisah berkas warna ganda/blok filter pemblokiran yang diperlukan ke dalam slot jalur optik.
3. Amati dengan mikroskop berdaya rendah dan sesuaikan pusat sumber cahaya sesuai dengan perangkat penyesuaian berbagai model mikroskop fluoresensi, sehingga terletak di tengah seluruh titik iluminasi.
4. Tempatkan irisan spesimen dan fokuskan untuk mengamati. Selama penggunaan, perlu diperhatikan bahwa filter akhir tidak boleh dilihat langsung dengan mata untuk menghindari kerusakan mata; Saat mengamati spesimen dengan mikroskop minyak, harus digunakan mikroskop minyak khusus non fluoresen; Setelah lampu merkuri bertekanan tinggi dimatikan, tidak dapat langsung dinyalakan kembali. Diperlukan waktu 5 menit untuk memulai kembali, jika tidak maka akan menjadi tidak stabil dan mempengaruhi umur lampu merkuri.
（3） Mengamati di bawah mikroskop fluoresensi pada platform pengajaran menggunakan filter cahaya biru ungu, terlihat bahwa sel-sel diwarnai dengan pewarna fluoresen oranye acridine 0.01%, inti dan sitoplasma dirangsang untuk menghasilkan dua yang berbeda warna fluoresensi (hijau tua dan merah oranye).
